В июне 1942 года Германия вместе с союзниками принимает решение ликвидировать партизан и уничтожить их штаб, расположенный в лесах Козары на севере Боснии.

Фильм «Оккупация в 26 эпизодах» представляет собой глубокое исследование безумия, реваншизма, ненависти и отсутствия моральных принципов, воплощенных в фашизме. Трое друзей – итальянец, хорват и еврей – наслаждаются беззаботной жизнью в живописном довоенном Дубровнике, пока их мир не разрывают звуки боевых самолетов. Столкновение с неизбежностью выбора приводит к конфликту естественных ценностей: семья против интимных чувств, греховность зачатия на фоне смерти, которая порождает новую жизнь. Вчерашние друзья оказываются по разные стороны баррикад, и уже не имеют значения их отношения, социальный статус и образование. Каждый решает, на чьей он стороне, по совести или без нее. Идиллия обеспеченной молодежи разрушается выстрелом, приносящим на алтарь истории их отношения, эпоху и, в конечном итоге, саму жизнь.

Невен Новак, сбежавший из концлагеря, стремится покинуть Загреб и присоединиться к партизанам. Однако прежде всего он хочет увидеть своего сына, с которым не виделся несколько лет. Пока отец находился в подполье и заключении, мальчика отправили в специальный приют, где детей врагов Хорватии и Рейха воспитывали в духе ненависти к сербам, евреям и коммунистам. Невен похищает сына из этого приюта и пытается вместе с ним покинуть город. Но сначала ему приходится бороться с идеями, которые взрослые успели внушить ребенку.

В 1943 году немецкие войска отступают под натиском Красной Армии на Восточном фронте и под ударами союзников в Северной Африке. Угроза вторжения в "Европейскую крепость" Гитлера становится реальностью. Уверенный, что союзники выберут Балканы для вторжения в Европу, Гитлер приказывает своим генералам любой ценой уничтожить партизан Народно-освободительной армии Югославии, чтобы обезопасить свои тылы.

Партизаны, недавно прорвавшиеся из окружения на Неретве, теперь вынуждены сражаться, имея на руках тысячи раненых. Сражение на реке Сутеске становится самым тяжелым для НОАЮ за всю войну. Превосходящие силы противника в шесть раз превосходят партизан, но несмотря на это, они вырываются из кольца. Фильм рассказывает о том, как это происходило, какой ценой была достигнута победа и что стоит за свободой народа.

Действие фильма разворачивается в период оккупации Югославии гитлеровскими войсками. Двое минёров из Югославской народно-освободительной армии, Дане и Ловро, получают задание переправить троих детей на освобождённую территорию. Среди детей особенно выделяется четырёхлетний Петер, который своим беспокойным характером доставляет больше всего хлопот.

Дане и Ловро не в восторге от этой миссии, так как мечтают о более серьёзных военных операциях. Однако выбора у них нет, и они отправляются в опасное путешествие вместе с детьми. В одном из селений они встречают девушку по имени Магда, которая сообщает им о пещере, где фашисты устроили секретный склад боеприпасов. Минёры решают воспользоваться случаем и взорвать склад, одновременно продолжая выполнять своё задание по доставке детей.