Четыре брата-черепахи, которые всю свою жизнь прятались от людей в подземных лабиринтах Нью-Йорка и изучали искусство ниндзюцу, решают выйти на поверхность и попробовать жить, как обычные подростки. Вместе с новой подругой, журналисткой Эйприл О'Нил, они начинают расследование, которое приводит их к могущественному преступному синдикату и армии мутантов.