Ученики выпускного класса продолжают свои попытки устранить своего инопланетного классного руководителя.

Загадочное существо уничтожило 70% Луны и предупредило, что Земля станет следующей, если его не убьют до марта следующего года. Существо потребовало стать классным руководителем в школе «Кунугигаока», и правительство не смогло отказать. В результате оно стало учителем выпускного класса, где учатся хулиганы и бездельники. Ученики дали новому учителю имя Куро, что на японском означает «чёрный». Правительство предложило старшеклассникам 10 миллиардов йен за убийство учителя Куро.

Братья Элрики сталкиваются с серийным убийцей, у которого на лбу есть шрам.

В стране Аместрис алхимия считается точной наукой и широко используется. Два брата, Эдвард и Альфонс Элрики, в детстве попытались с её помощью воскресить умершую мать, но это обернулось трагедией. Эдвард потерял руку и ногу, а Альфонс лишился всего тела. В последний момент Эдвард сумел спасти душу брата, привязав её к стальным рыцарским доспехам. Теперь они вместе ищут философский камень, чтобы вернуть Альфонсу его тело: Эдвард со стальными протезами, а Альфонс — в виде говорящих доспехов.

Братья Элрики оказываются перед лицом потусторонней опасности.