Молодому неопытному аналитику из Национального контртеррористического центра предстоит разоблачить террористическую сеть. В ходе работы ему придется не только бороться с бюрократическими преградами, но и справляться с чрезмерным вниманием родственников, которые не осознают важности его миссии.

С помощью оставшихся членов Клана Фут и профессора Стокмана, Шреддер разрабатывает план побега, который он намеревается осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается получить информацию о готовящемся побеге из файлов профессора, но черепашки-ниндзя, прибывшие на новом фургоне-мусоровозе, не смогли остановить мутировавшего Шреддера, который в последний момент сбежал с их глаз при помощи портала, созданного Стокманом. Настало время черепашкам отложить мелкие супергеройские дела и вновь показать, на что они способны.

Городу срочно нужны спасители. Нью-Йорк погружён во мрак из-за Шреддера и его безжалостного Клана Футов, которые держат под контролем всех — от полицейских до политиков. Будущее кажется безнадёжным, пока из канализации не выходят четверо братьев, которые понимают своё предназначение — Черепашки-ниндзя. Эти герои должны объединить свои усилия с отважной журналисткой Эйприл и её остроумным оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и сорвать коварные планы Шреддера.

После инцидента с агрессивным поклонником, популярная певица Иден Чейз решает пригласить в свою команду специалиста по охране. Однако человек, которому она доверила свою безопасность, оказывается не тем, за кого себя выдавал, скрывая мрачные секреты из своего прошлого.

Невротичный и эгоцентричный музыкант по имени Уильям стремится закончить свой грандиозный проект в стиле прогрессивного рока, но сталкивается с постоянными помехами со стороны своего шумного и нахального соседа Влада. Наконец решившись на разговор с ним, Уильям случайно обезглавливает Влада. Попытка замести следы приводит к непредсказуемым и ужасающим последствиям.