Действие разворачивается в XIX веке. Мэри Леннокс, проживавшая в Индии вместе с родителями, остаётся сиротой, когда её родители умирают от чумы. Девочку забирает к себе в Великобританию её дядя Арчибальд. Теперь Мэри обитает в его мрачном особняке. Возле дома находится загадочный сад, из которого по ночам доносятся странные крики. Сад окутан тайной.

Дядя Арчибальд вызывает у Мэри смешанные чувства: он добрый, но в его поведении ощущается какая-то скрытая боль. Мэри заводит дружбу с мальчиком по имени Дикон, сыном садовника. Вместе они решают разгадать тайну сада и помочь дяде Арчибальду справиться с его печалью.