В 1971 году вдова сержанта Кацуо Тогаси, казненного в августе 1945 года, обращается в министерство с просьбой пересмотреть его дело. Госпожа Тогаси убеждена, что ее муж не был дезертиром, и готова искать свидетелей и участников трагических событий, произошедших в Новой Гвинее во время Второй мировой войны.

Фильм "Император" повествует о событиях, произошедших сразу после капитуляции Японии во Второй мировой войне. В тот период генералу Дагласу МакАртуру фактически была передана власть над страной. Одну из ключевых задач поручают генералу Боннеру Феллерсу, специалисту по японской культуре. Его миссия — выяснить, следует ли обвинять императора Хирохито в военных преступлениях и приговаривать его к смертной казни через повешение.

В 1722 году, в городе Эдо, уже десять лет действует банда воров под предводительством таинственного Кумокири. Эти преступники совершают дерзкие и тщательно спланированные ограбления, оставаясь неуловимыми для правосудия. Шикуба, амбициозный самурай и начальник отряда, занимающегося расследованиями грабежей и поджогов, видит в поимке главаря дело своей чести. Однако его представления о справедливости и законе начинают рушиться, когда он узнает секрет, окутывающий прошлое этого дерзкого преступника.