Германия, XVII век. Тридцатилетняя война и эпидемия чумы оставили 13-летнего Крабата без семьи. В поисках убежища и пропитания он загадочным образом оказывается на мельнице, где становится подмастерьем у ее хозяина.

Со временем Крабат понимает, что это место - не просто мельница, а школа черной магии. За обучение у Мастера приходится платить высокую цену...