Возвращаясь домой с Вулкана на захваченном клингонском космическом корабле, Кирк и его команда ожидают худшего. Хотя они выполнили свой долг, вернув Спока живым и здоровым, у них мало причин для радости, особенно когда начинаются воспоминания о совершенных проступках.

Неподчинение приказам, угон и последующее самоуничтожение «Энтерпрайза», саботаж «Эксцельсиора» – все это заставляет их представлять себе не самые приятные последствия по прибытии на Землю.

Но реальность оказывается еще более мрачной: к Земле приближается огромный космический корабль неизвестного происхождения, передающий сигналы на языке китов, которые к 23-му веку уже полностью вымерли. Этот загадочный корабль влияет на погоду, вызывая на планете непрекращающиеся ливни, грозы, ураганы и смерчи. Анализ ситуации показывает, что если каким-то чудом на Земле снова появятся киты, это может стабилизировать обстановку и предотвратить надвигающийся кризис.

И кто же способен сотворить это чудо? Конечно же, капитан Кирк и его команда! Они готовы отправиться в прошлое, чтобы найти китов и привезти их в будущее ради спасения всей планеты.

Их путешествие начинается...