Действие фильма разворачивается вокруг группы героев, которые стремятся сохранить свое тайное общество под названием «Справедливость и братство» в период, предшествующий революции 1848 года.

На этот раз команда капитана сталкивается с группой контрабандистов, которые занимаются продажей наркотиков и вывозом украденных из Румынии икон. Главарь преступников Василеску использует для своих махинаций ничего не подозревающих Стериаде, Трандафира и Патрауля, которые в прошлом были мелкими преступниками, а также известного Панаиту. Рискуя своими жизнями, милиционеры обезвреживают бандитов, а незадачливые мошенники вместо запланированной поездки за границу оказываются за решеткой.

1939 год. В королевской Румынии установлена диктатура генерала Антонеску. Легионеры из карательной группировки «Железная гвардия», мечтающие о захвате власти, тайно расправляются со своими политическими противниками. В тюрьме «Верага» они устраивают кровавый расстрел опасных для них заключённых. Однако вскоре об этих убийствах становится известно общественности.

Чтобы отвести от себя подозрения, верхушка легионеров решает свалить вину на коммунистов и поручает расследование нейтральному в политике комиссару Микловану, полагая, что это развяжет им руки. Но опытный следователь быстро понимает, что ему подсунули заведомо фальшивое дело, и начинает расследовать его по совести, бросая вызов своим нанимателям.

Разъярённые легионеры начинают охоту на несговорчивого комиссара и его родственников. Но Миклован, ловкий стрелок, оказывается куда более стойким противником, чем предполагали его вчерашние «работодатели». С каждым днём война между отважным следователем-одиночкой и легионерами разгорается всё сильнее.

Фильм "Запутанные следы" объединяет две истории, каждая из которых посвящена работе милиционеров. В первой части зритель знакомится с расследованием убийства, которое произошло в торговой фирме, где погиб начальник отдела. Вторая часть повествует о том, как капитан Панаит вместе со своими коллегами разоблачает группу преступников. Эти злоумышленники, маскируясь под манекенов, оставались в универмаге после закрытия и совершали крупные кражи.

Декабрь 1945 года. Антиквар Семако, освобожденный по решению суда, снова начинает свою деятельность. Бандиты продолжают сеять хаос, но их пути пересекаются с комиссаром Михаем Романом. Кровь льется рекой, и близкие люди Михая погибают. Насилие, кажется, берет верх, однако комиссар Роман приберег для Симаки последний патрон.

Вторая мировая война показана через призму восприятия мальчика, ставшего сыном полка. Потеряв отца, он остается один и провожает своих товарищей-солдат на передовую, где своими глазами видит все ужасы войны.