Если в деревне у бабушки нет твоих ровесников, только пожилые люди, любые каникулы могут показаться наказанием. Так случилось с 10-летней Мэри, которую родители отправили на лето в глухую деревню. Каждый день проходил в скуке и безделье, пока однажды девочка не решила проследить за бездомным котом. Следуя за ним, она случайно обнаружила в лесу волшебный цветок. Лепестки этого "ведьминого глаза" наделили обычную кухонную метлу магической силой, и та внезапно ожила, унеся Мэри высоко в небо, прямо в школу колдовства и магии. Встретившись с местными преподавателями, девочка решает притвориться новенькой ученицей из могущественной колдунской семьи.

Маленькая любопытная рыбка Поньо, дочь волшебника и прекрасной морской богини, решает покинуть свой подводный дом, чтобы узнать больше о жизни людей. В процессе своих приключений она попадает в банку и оказывается выброшенной на берег. Там её находит пятилетний мальчик по имени Сосукэ. Дети быстро становятся друзьями, и Поньо начинает мечтать о том, чтобы стать человеком.