Во время задания по поимке хорька на Сакуру, Сикамару и Наруто нападают неизвестные ниндзя. Наруто оказывается отделён от своей команды и сталкивается с мощью, не связанной с Чакрой, а также узнает о древней исчезнувшей цивилизации. Воссоединившись с друзьями, Наруто оказывается перед необходимостью бороться за спасение всего мира.