История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.