Наруто оказывается в тюрьме под названием «Кровавая тюрьма» после обвинения в покушении на жизнь Райкагэ и убийстве нескольких синоби. Он решает доказать, что не виновен в этих преступлениях.

На планете разразился неизвестный вирус, который получил название "медуза." Люди, заражённые им, медленно превращаются в каменные статуи. Эпидемия распространяется с ужасающей скоростью. В попытке спастись, 160 человек погружаются в криогенный сон, надеясь, что в будущем учёные найдут способ создать вакцину. Спустя неопределённое время их сон неожиданно прерывается. Пробудившись, они обнаруживают, что мир вокруг них изменился до неузнаваемости: повсюду разрослись тернии, а планета населена ящероподобными чудовищами. Сколько времени прошло с момента их погружения в сон? Что стало с человеческой цивилизацией? И есть ли у них шанс найти лекарство от вируса "медуза"?