2131 год. Война, обошедшаяся без ядерного оружия, практически уничтожила человечество и завершилась без явных победителей. Солдат спецназа Дюнан Нат оказывается в городе Олимп, который стал новым центром Земли, после того как она выжила в хаосе боевых действий. Ее бывший возлюбленный, Бриареос, который помог ей добраться до Олимпа, потерял свое тело в боях за Северную Африку и теперь является киборгом.

В Олимпе половина населения состоит из биороидов - клонов, созданных на базе тщательно отобранных людей и кибернетически усовершенствованных. Эти существа обладают природой, исключающей социальные конфликты и нестабильность. Город и его жители контролируются правящей элитой и кибернетическим мозгом по имени Гейа. Возникает вопрос: являются ли биороиды тем самым идеалом, о котором мечтало человечество, изнемогающее от конфликтов? Или же именно в Гейа скрыты причины грядущего краха?

В 2032 году, в мире, где техника достигла невероятных высот, люди живут бок о бок с киборгами и роботами. Бато, детектив из отдела по борьбе с терроризмом, является живым киборгом с искусственными конечностями и другими частями тела, сохранившим лишь свой мозг и память о Мотоко Кусанаги.

Вместе с напарником Тогусой, Бато занимается расследованием серии убийств, совершённых роботами, которые убивают своих владельцев. Все эти роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов компании Locus Solus. Фирма предпочла бы замять инцидент, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками жертв. Однако Бато и Тогуса не из тех, кто пойдет на компромисс в таком деле.