Действие происходит в 1963 году недалеко от Иокогамы. Уми Мацудзаки, чьего отца, командира корабля, не стало десять лет назад во время Корейской войны, была тогда совсем маленькой. Пока её мама в отъезде, Уми приходится вести хозяйство и каждое утро поднимать флажки, как когда-то завещал отец, чтобы с моря было видно, что его ждут дома.

В их городке есть школьный клуб с множеством кружков по интересам. Однако его собираются закрыть, так как здание, в котором он располагается, сильно обветшало. Уми вместе с другими школьными активистами отправляется в Токио, чтобы встретиться со спонсором школы и попытаться спасти клуб от сноса. На фоне этой общественной деятельности у Уми начинают зарождаться первые романтические чувства.

Тихиро вместе с родителями отправляется в новый дом. По пути они теряются и попадают в загадочный пустынный город, где их встречает изобилие еды. Родители начинают жадно поедать угощения и, к ужасу Тихиро, превращаются в свиней, попав в ловушку злой ведьмы Юбабы. Теперь, оставшись наедине с волшебными существами и таинственными явлениями, Тихиро предстоит найти способ освободить своих родителей от чар коварной старухи.

Маленькая любопытная рыбка Поньо, дочь волшебника и прекрасной морской богини, решает покинуть свой подводный дом, чтобы узнать больше о жизни людей. В процессе своих приключений она попадает в банку и оказывается выброшенной на берег. Там её находит пятилетний мальчик по имени Сосукэ. Дети быстро становятся друзьями, и Поньо начинает мечтать о том, чтобы стать человеком.