В 2029 году кибернетические технологии достигли такого уровня, что люди могут заменять свои конечности на роботизированные аналоги. Майор Мотоко Кусанаги, работающая в 9-м отделе службы безопасности, сталкивается с загадочным хакером, известным под именем Кукловод. Она погружается в расследование, чтобы выяснить, кто скрывается за этим псевдонимом и какие цели преследует этот таинственный преступник.

К 2029 году компьютерные сети и кибертехнологии стали неотъемлемой частью жизни, и почти каждый человек имеет различные имплантаты. Однако эти достижения принесли с собой новую угрозу: возможность «взлома мозга».

Неуловимый хакер, известный как Кукловод, начинает вмешиваться в политические процессы. В ответ на это, 9-й отдел Министерства Общественной безопасности, оснащённый передовыми технологиями, получает задание провести расследование и остановить Кукловода.