Альтернативная реальность, напоминающая начало XX века. У девочки по имени Сита есть Летающий Камень, за которым гоняются правительственные агенты и пираты из-за его огромной ценности. В попытках убежать от преследователей, Сита знакомится с мальчиком по имени Падзу, который трудится в шахтерском городке. Вместе они раскрывают тайну, что Камень является ключом к загадочному летающему острову Лапута.

Тамаки, первокурсница, которая раньше увлекалась волейболом, решила заняться большим теннисом, надеясь, что это привлечет внимание парней. Однажды, совершенно случайно, она попала теннисным мячом в планер, принадлежащий студенту по имени Даисукэ. Поскольку у неё не было возможности оплатить ремонт, Тамаки решила присоединиться к авиационному клубу в качестве помощницы.

Юма вместе со своей девушкой Акиной оказываются в заброшенной деревне Инунаки. После этого Акина начинает странно себя вести, постоянно напевая какую-то мелодию, и в конце концов совершает самоубийство. Юма решает вновь отправиться в это проклятое место, и младший брат Кота следует за ним. Оба бесследно пропадают. Мать в отчаянии, отец отрекается от них, называя их кровь грязной. Сестре Канаэ, которая с детства старается не обращать внимания на призраков, приходится взять на себя задачу спасения братьев и разгадки тайны мистической деревни Инунаки.

Действие происходит в Киото в середине 13 века, когда императорский двор находится под влиянием духовенства. Молодую крестьянку по имени Сидзё продают могущественному господину, чтобы она стала его "ходячим инкубатором." Устав от одиночества и изоляции, Сидзё начинает роман с государственным советником, который является братом бывшего императора. Осознав, что для окружающих она всего лишь объект для утех, Сидзё решает изменить свою судьбу. Она принимает решение стать монахиней и отправляется в странствие по Японии, стремясь найти внутренний покой и свободу.