Мальчик по имени Гэн пережил ужасную трагедию, когда во время ядерной бомбардировки он потерял почти всю свою семью, кроме беременной мамы. В поисках еды для себя и мамы Гэн сталкивается с множеством трудностей. В один из дней он знакомится с мальчиком, который удивительно напоминает его погибшего брата, и между ними завязывается крепкая дружба. Проходят три года, и жизнь вроде бы начинает налаживаться: мама работает, а Гэн посещает школу. Однако вскоре здоровье матери резко ухудшается из-за последствий ядерной катастрофы. Гэн отчаянно пытается найти способ заработать значительную сумму денег на лекарства для мамы, но это оказывается невероятно трудной задачей в стране, разорённой бедностью, голодом и преступностью.

31 год спустя после Третьей мировой войны и ядерной атаки на японскую столицу, на месте разрушенного Токио построен новый город – Нью-Токио. Внешне кажется, что все под контролем, но на самом деле страна превратилась в профашистское государство, жестоко подавляющее любые попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические эксперименты над людьми с целью создания идеального оружия.

Военные, в лице полковника Сикисимы, который руководит проектом биологических экспериментов, вступают в конфликт с правительством. Тем временем в стране набирает силу религиозный культ, поклоняющийся сверхчеловеку по имени Акира, чье появление, как считается, способно решить все проблемы Японии.