16-летний Ходака Морисима сбегает из дома и отправляется в Токио. Там он быстро остается без денег и сталкивается с проблемой: из-за отсутствия документов ему не удается найти работу. К тому же в городе постоянно идет дождь, и небо всегда покрыто тучами. В полном отчаянии Ходака обращается за помощью к мужчине, с которым познакомился по пути в Токио. Этот человек не только предлагает ему работу в журнале, специализирующемся на сверхъестественных явлениях, но и предоставляет жильё.

Вскоре Ходака знакомится с девушкой по имени Хина Амано. Оказывается, она обладает необычной способностью — может разгонять тучи и прекращать дождь.

Эрика Ёсиока, журналистка газеты «Тото», родилась в семье японца и кореянки, но выросла в США. Однажды она получает анонимный факс с секретной информацией о плане строительства нового университета. Эрика начинает расследование.

Такуми Сугихара работает в Отделе разведки и исследований. Он считает, что его долг — служить людям, но его задачи включают контроль над СМИ и предотвращение негативного освещения правительства. Однажды он встречает своего бывшего начальника, и через несколько дней тот совершает самоубийство, прыгнув с крыши.

Эрика и Такуми объединяют усилия, чтобы раскрыть шокирующую правду.

Братья Элрики сталкиваются с серийным убийцей, у которого на лбу есть шрам.

В стране Аместрис алхимия считается точной наукой и широко используется. Два брата, Эдвард и Альфонс Элрики, в детстве попытались с её помощью воскресить умершую мать, но это обернулось трагедией. Эдвард потерял руку и ногу, а Альфонс лишился всего тела. В последний момент Эдвард сумел спасти душу брата, привязав её к стальным рыцарским доспехам. Теперь они вместе ищут философский камень, чтобы вернуть Альфонсу его тело: Эдвард со стальными протезами, а Альфонс — в виде говорящих доспехов.

Братья Элрики оказываются перед лицом потусторонней опасности.