Фильм "Яблочное зёрнышко: Проект Альфа" рассказывает о прошлом Дюнан и Бриарея до их прибытия в Олимп. История погружает зрителя в их боевое прошлое, показывая, как они стали теми, кем являются. Мы видим их участие в различных военных операциях, их личные испытания и борьбу за выживание. Эти события формируют их характеры и отношения, закладывая основу для их будущих приключений в Олимпе.

Борьба Макото и команды SEES с загадочными существами, известными как Тени, приближается к своему апогею. Герои ведут отчаянные битвы, стремясь навсегда покончить с Тёмным Часом. К ним присоединяется таинственный студент по обмену, и с каждым новым днем судьба дарит им всё новые испытания. Взаимоотношения в команде становятся всё напряжённее.

Зловещие создания прячутся в темноте, подстерегая тех, кто случайно оказывается в таинственном Тёмном часе, который наступает между концом одного дня и началом следующего. Секретный школьный клуб, известный как SEES, стоит на страже человечества, защищая его от этих ужасов и катастроф. Главная миссия клуба - однажды и навсегда раскрыть загадку Тёмного часа.