В 2015 году в Токио-3 разворачиваются события, происходящие спустя 15 лет после Второго удара, который растопил Антарктиду, вызвал глобальную катастрофу и привел к гибели большей части человечества. Теперь Землю осаждают загадочные существа, известные как Ангелы, и только гигантские биотехнологические роботы серии «Евангелион» способны противостоять им.

14-летний Синдзи Икари едет на встречу с отцом, главой влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергается нападению Ангела. Благодаря капитану Мисато Кацураги, Синдзи удается добраться до подземной штаб-квартиры NERV. Парень полон желания выразить отцу свою ненависть, но обстоятельства складываются так, что Синдзи вынужден немедленно сесть в робота и вступить в бой с Ангелом.