Черепашки-ниндзя продолжают противостоять коварным замыслам загадочного клана, возглавляемого их давним противником Шреддером. Их путь полон неожиданных событий, которые унесут героев в панцирях в космические просторы, феодальную Японию и даже в виртуальную реальность.

В этом фильме Черепашки-ниндзя сталкиваются с необычным событием: они встречают своих версий из мультсериала 1980-х годов. Вместе, объединив силы, они сражаются против двух Шреддеров, стремясь одержать победу.