С давних времен верили, что за пределами нашего мира существуют существа, совершенно отличные от обычных растений и животных. Люди издревле боялись этих загадочных созданий и называли их муси. В то же время находились и те, кто стремился изучать этих странных существ. Главный герой аниме, специалист по муси по имени Гинко, обладает уникальными способностями, позволяющими ему видеть и ощущать муси. Ведя кочевой образ жизни без определенной цели, Гинко всегда готов прийти на помощь тем, кто в ней нуждается.

История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.