В 2068 году Земля ведет отчаянную борьбу против жестоких и коварных захватчиков с Марса, известных как Мистероны. Единственной надеждой человечества становится Всемирная Секретная Организация, именуемая «Спектрум». Среди ее агентов выделяется Капитан Скарлет, не знающий страха перед враждебными пришельцами. Он и его команда продолжают стойко защищать планету, веря в возможность победы над инопланетными захватчиками и спасение Земли.

Первый пилотируемый полет на Марс завершается аварией, но экипажу удается выжить. В ходе расследования выясняется, что катастрофа была преднамеренной. Чтобы предотвратить подобные инциденты в будущем, к работе подключают команду Тандербердов. Их миссия - обеспечить безопасность при повторном запуске марсианской экспедиции.