Существует два мира — мир живых и мир духов. С каждым годом люди становились все более занятыми и бездушными, утрачивая веру в духов и способность их видеть. Однако с древних времен среди людей есть те, кто может видеть и слышать духов, взаимодействовать с ними и контролировать их. Эти люди служат связующим звеном между мирами и называются шаманами.

Мальчик по имени Сатоси вместе со своим первым покемоном Пикачу отправляется в большое приключение, стремясь стать самым выдающимся мастером покемонов. В ходе своего пути к нему присоединяются Брок, тренер каменных покемонов, который неравнодушен к девушкам, и Мисти, энергичная тренер водных покемонов. Все вместе они путешествуют по разным уголкам страны, принимая участие в многочисленных покемонских соревнованиях.

Коко воспитывается в джунглях под заботой одиночки Заруда. Однажды он встречает Сатоси и Пикачу, благодаря которым начинает познавать человеческий мир. Вскоре Коко осознает, что его родным джунглям угрожает серьезная опасность.

В тайной лаборатории создают покемона по имени Мьюту, предназначенного для уничтожения человечества. Однако, осознав свою цель, он восстает против тех, кто его создал.