В районе Матида в Токио произошло странное явление: земля внезапно просела, образовав огромную пещеру. В то же время появился жестокий серийный убийца, который вырезал почти всех жителей одного многоквартирного дома.

Раммару и Сая Синдо чудом остались живы после этой двойной трагедии. Прошло пять лет. Брат и сестра решили пойти по стопам своего отца, который был полицейским. Для Сайи это просто честная и достойная работа, а вот Раммару надеется когда-нибудь найти убийцу своих близких, друзей и соседей по Матиде.

2046 год. Убийство вызывает общественный резонанс и раскрывает тайну существования киборгов «третьего типа», которые настолько совершенны, что их невозможно отличить от людей. В обществе вспыхивают ненависть и враждебность к андроидам, подогреваемые определенными кругами.

Детективы Росс Силибус и Наоми Армитаж начинают расследование, погружаясь в мир правительственных заговоров и убийств, связанных с секретными технологиями. Ситуация становится еще более напряженной, когда враги узнают самый важный секрет Армитаж: она сама является киборгом «третьего типа».