В 1999 году на Землю падает огромный метеорит, который на самом деле оказывается инопланетным космическим кораблем. Люди начинают изучать и восстанавливать его системы, чтобы быть готовыми к возможному появлению его владельцев. Однако прибывшие инопланетяне оказываются не хозяевами корабля, который назвали «Макросс», а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически открывает огонь, и начинается война между землянами и гигантскими инопланетянами Зентреди.

Несмотря на свои огромные размеры и превосходное знание военного дела, Зентреди имеют слабое место: им незнакомы понятия «культура» и «любовь». Простая романтическая песня оказывается для них более разрушительной, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник между пилотом Ичидзё Хикару, его начальницей капитаном Хаясэ Мисой и начинающей поп-исполнительницей Линн Минмэй.

Легенда о Леди Смерть берет свое начало в XV веке, когда её несправедливо приговорили к сожжению на костре за грехи её отца, лорда Маттиаса, который оказался самим Люцифером. Обманом Люцифер заманил свою дочь в Ад, где открыл ей её безграничные возможности и предложил править Адом вместе с ним. В обмен на её согласие он обещал вернуть ей любимых, которых она когда-то потеряла. Однако Хоуп отвергла это предложение, за что была низвергнута в глубины Ада. Там она поклялась уничтожить Люцифера.