В 1999 году на Землю падает огромный метеорит, который на самом деле оказывается инопланетным космическим кораблем. Люди начинают изучать и восстанавливать его системы, чтобы быть готовыми к возможному появлению его владельцев. Однако прибывшие инопланетяне оказываются не хозяевами корабля, который назвали «Макросс», а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически открывает огонь, и начинается война между землянами и гигантскими инопланетянами Зентреди.

Несмотря на свои огромные размеры и превосходное знание военного дела, Зентреди имеют слабое место: им незнакомы понятия «культура» и «любовь». Простая романтическая песня оказывается для них более разрушительной, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник между пилотом Ичидзё Хикару, его начальницей капитаном Хаясэ Мисой и начинающей поп-исполнительницей Линн Минмэй.

История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.