В далёком будущем человечество сталкивается с угрозой со стороны инопланетной расы Мазонов, которая начинает уничтожать людей. Земное правительство, однако, не предпринимает решительных действий для защиты и сохранения независимости, предпочитая сохранять статус-кво. В этой ситуации капитан Харлок вместе со своим экипажем и космическим кораблём «Аркадия» решает самостоятельно противостоять инопланетным захватчикам. Мазоны, исследовавшие Землю в древние времена, теперь считают её своей собственностью и стремятся захватить планету.

В загадочном театре странный клоун делится с ребенком волшебными историями о грядущих временах.

31 год спустя после Третьей мировой войны и ядерной атаки на японскую столицу, на месте разрушенного Токио построен новый город – Нью-Токио. Внешне кажется, что все под контролем, но на самом деле страна превратилась в профашистское государство, жестоко подавляющее любые попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические эксперименты над людьми с целью создания идеального оружия.

Военные, в лице полковника Сикисимы, который руководит проектом биологических экспериментов, вступают в конфликт с правительством. Тем временем в стране набирает силу религиозный культ, поклоняющийся сверхчеловеку по имени Акира, чье появление, как считается, способно решить все проблемы Японии.