В далёком будущем человечество сталкивается с угрозой со стороны инопланетной расы Мазонов, которая начинает уничтожать людей. Земное правительство, однако, не предпринимает решительных действий для защиты и сохранения независимости, предпочитая сохранять статус-кво. В этой ситуации капитан Харлок вместе со своим экипажем и космическим кораблём «Аркадия» решает самостоятельно противостоять инопланетным захватчикам. Мазоны, исследовавшие Землю в древние времена, теперь считают её своей собственностью и стремятся захватить планету.

В будущем, после разрушительной ядерной войны, Земля оказалась в плену страшной экологической катастрофы. Огромные леса, покрывающие практически всю планету, выбрасывают в воздух ядовитые споры, делающие жизнь в этих областях невозможной. Немногочисленные выжившие обитают в редких зонах, которые ещё не захвачены лесами, и постоянно сталкиваются с гигантскими насекомообразными существами.

Одним из таких уцелевших мест является Долина ветров, небольшое королевство, возникшее на руинах старых цивилизаций. Его правительница — смелая и мудрая принцесса Навсикая, которая стремится защитить свой народ и природу. Однако спокойствие Долины нарушается, когда агрессивные соседи начинают угрожать её существованию. Они намерены возродить древнее и опасное оружие, которое может окончательно погубить планету.

В загадочном театре странный клоун делится с ребенком волшебными историями о грядущих временах.