Будущее. Планета R существует благодаря магическим кристаллам. Злые силы решают украсть эти кристаллы, чтобы разрушить планету.

Каждый мужчина знает: либо занимайся девушкой, либо решай мировые проблемы! Стоило 17-летнему Синъити Кудо отвлечься на подозрительных личностей во время прогулки с подругой детства Ран Мори, как его схватили злодеи и заставили проглотить странную таблетку, превратившую его в семилетнего мальчика. Чудом уцелевший Кудо обратился за помощью к своему другу, но даже гениальный профессор Агаса оказался бессилен. Когда в дом профессора ворвалась взволнованная Ран и спросила незнакомого ребенка, кто он, бедняга смог лишь скользнуть взглядом по книжным полкам и вымолвить: «Эдогава... Конан».

Противостоять зловещему Черному Синдикату – задача не из легких, но герои и не думали сдаваться. Родители Кудо уехали из страны, а маленький Конан поселился в доме Мори вместе с любимой Ран и ее отцом Когоро, бывшим полицейским. Благодаря своему выдающемуся уму, связям Когоро и технической поддержке профессора, мальчик-детектив вместе с друзьями активно включился в расследование преступлений и борьбу с криминалом в Японии. Главный вопрос остается – сможет ли юный Эдогава разгадать все вражеские замыслы до того, как Ран поймет, кто на самом деле живет с ней под одной крышей?