В конце XIX века молодой эмигрант из Китая, обладающий выдающимися навыками в боевых искусствах, прибывает в Сан-Франциско. Он мгновенно оказывается втянут в ожесточенные разборки между преступными группировками, которые контролируют Чайнатаун.

Снейк Айз — загадочный и суровый одиночка, который спасает наследника древнего японского клана Арасикагэ. В благодарность за это клан делится с ним тайными знаниями пути ниндзя. Но самое важное, что Снейк Айз наконец находит то, к чему так долго стремился, — дом. Однако, когда тайны его прошлого всплывают на поверхность, под угрозой оказываются его честь, преданность и доверие самых близких людей.

Наёмник, известный под псевдонимом Божья Коровка, получает новую задачу: заменить заболевшего коллегу и отправиться в скоростной поезд, следующий по маршруту Токио - Киото. Его цель – незаметно похитить чемоданчик и выйти на одной из промежуточных станций. Однако, простая на первый взгляд миссия превращается в настоящий кошмар, когда выясняется, что вагон полон самых разных киллеров.

В одном городе власть захватила коррумпированная династия Ван Дер Кой, которая ежегодно устраивает показательные казни своих врагов. В результате одной из таких казней маленький мальчик теряет всю свою семью, слух и способность говорить. Он оказывается в джунглях, где его находит отшельник по имени Шаман. Шаман начинает обучать мальчика боевым искусствам. Теперь его единственная цель - убить Хильду Ван Дер Кой.

Проходят годы, и мальчик превращается в сильного и ловкого бойца. Однажды он становится свидетелем очередной жестокой расправы над мирными жителями и, не выдержав, вступает в бой.

История разворачивается вокруг взаимоотношений Сенеки и Нерона. Сенека воспитывал Нерона с детства, однако тот впоследствии обвинил своего наставника в заговоре с целью его убийства.