После того как опасность, казалось, миновала, автоботы все же решили оставить на Земле небольшую группу защитников под командованием Оптимуса Прайма. Эта предосторожность оказалась мудрым решением — спустя три года Мегатрон вновь появляется, привнося с собой Тёмный Энергон, с помощью которого он планирует отомстить за прошлое поражение. Автоботы снова вынуждены вступить в бой. В это время они уже успели подружиться с несколькими земными подростками, и теперь объединённая команда роботов и людей сражается за защиту Земли от десептиконов.