Давным-давно, когда пирамиды ещё только возводились, египетские правители развлекались, устраивая магические поединки, известные как «Игры теней». Эти сражения высвободили огромную тёмную энергию, способную уничтожить весь мир. Чтобы предотвратить катастрофу, могущественный фараон запечатал эту силу в таинственных «Тысячелетних артефактах», пожертвовав своей жизнью и жизнями шести жрецов. Спустя 3000 лет, весь мир увлекается карточной игрой «Duel Monsters», использующей компьютерные технологии и напоминающей древние «Игры теней». Школьник Юги Муто считается лучшим игроком, но мало кто знает его секрет. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл его дедушка во время экспедиции.

Действие происходит в 1963 году недалеко от Иокогамы. Уми Мацудзаки, чьего отца, командира корабля, не стало десять лет назад во время Корейской войны, была тогда совсем маленькой. Пока её мама в отъезде, Уми приходится вести хозяйство и каждое утро поднимать флажки, как когда-то завещал отец, чтобы с моря было видно, что его ждут дома.

В их городке есть школьный клуб с множеством кружков по интересам. Однако его собираются закрыть, так как здание, в котором он располагается, сильно обветшало. Уми вместе с другими школьными активистами отправляется в Токио, чтобы встретиться со спонсором школы и попытаться спасти клуб от сноса. На фоне этой общественной деятельности у Уми начинают зарождаться первые романтические чувства.

Фильм рассказывает о первом восхождении на смертельно опасный Эверест, совершённом Ирвингом и Мэллори. Их первенство так и осталось недоказанным, поскольку оба альпиниста исчезли без вести. Спустя много лет, в XXI веке, профессиональный фотограф-альпинист обнаруживает след камеры Мэллори. Эта находка может стать сенсацией столетия, полностью изменив наше представление об истории покорения Эвереста.

В предвоенной Японии молодая цветочница по имени Мидори теряет своих родителей и случайно попадает в труппу бродячего цирка уродов, управляемого мистером Араси. В этом цирке собрались самые странные и пугающие артисты: безрукая мумия, глотатель шпаг, женщина-змея, садист-андрогин и другие. Эти существа не только выглядят ужасающе, но и жестоко издеваются над маленькой прислужницей. Однако все меняется, когда в цирке появляется загадочный Волшебный Масамицу. Благодаря своим невероятным и очень странным способностям, он быстро становится главной звездой труппы. Масамицу берет Мидори под свое покровительство, защищая её от жестоких насмешек и издевательств цирковых артистов.