Девять лет назад, чтобы раздобыть деньги на лечение своей подруги, Сакура Харуо вступил в контакт с якудза и в отчаянии согласился убить одного из криминальных боссов. После тюремного срока он пытается выяснить, помогли ли эти деньги и что случилось с его возлюбленной. У Сакуры в кармане ни копейки, нет профессии и даже крыши над головой. Единственное, что им движет сейчас, — это желание понять, стоило ли его девятилетнее заключение и оказалась ли его жертва не напрасной.

Младший лейтенант Императорской армии Хиро Онода, сражавшийся против союзных сил на острове Лубанг во время Второй мировой войны, не принял факт капитуляции Японии после окончания боевых действий. Он считал это вражеской уловкой и вместе со своим отрядом продолжал вести партизанскую войну в филиппинских джунглях.

В последние дни Второй мировой войны камикадзе Коити Сикисима посадил свой самолёт на острове Одо, где находилась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал огромный ящер Годзилла, как его называли местные жители.

Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио: родители погибли, от дома остались лишь обломки. Он пытается начать жизнь заново. К нему присоединяется девушка, тоже потерявшая семью, с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Время идёт, жизнь постепенно налаживается. Коити находит работу в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе. Однажды их хлипкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё больше и свирепее.

После поражения банды под руководством Кохаку, на территории SWORD наступил период мира. Однако, этот покой оказался недолговечным. Вскоре на горизонте появились новые жестокие группировки: Doubt, возглавляемая Ранмару Хаяси, и Prison Gang, которой руководит Дзэси. Вскоре начнётся новая ожесточённая борьба за контроль над территорией.