Алхимия — это наука, позволяющая преобразовывать материю из одной формы в другую. Основной закон этой науки гласит: чтобы получить что-то, нужно отдать что-то равноценное. Эдвард и Альфонс Элрики, сыновья выдающегося алхимика, были всего лишь детьми — 11 и 10 лет соответственно — когда решили, что знают достаточно, чтобы воскресить свою умершую мать. Однако попытка завершилась трагедией: Эдвард потерял ногу, а Альфонс исчез полностью. Лишь ценой своей правой руки Эдварду удалось вернуть душу брата и прикрепить её к старинным доспехам.

Снабдив себя металлическими протезами вместо утраченных конечностей, Эдвард вместе с Альфонсом покидает родной дом. Он поступает на государственную службу, чтобы получить доступ к ресурсам армии. С этого момента братья с ещё большим рвением стремятся разгадать тайну человеческого преобразования, надеясь вернуть свои тела в прежнее состояние. Их цель — легендарный философский камень, который позволяет обойти закон равноценного обмена. Однако вскоре они обнаруживают, что не они одни охотятся за этим артефактом, и что оказались втянутыми в опасную игру...

Существует два мира — мир живых и мир духов. С каждым годом люди становились все более занятыми и бездушными, утрачивая веру в духов и способность их видеть. Однако с древних времен среди людей есть те, кто может видеть и слышать духов, взаимодействовать с ними и контролировать их. Эти люди служат связующим звеном между мирами и называются шаманами.