События разворачиваются в 1999 году, еще до появления Зентреди. В результате падения инопланетного космического корабля на Землю была обнаружена сверхтехнология, из-за которой разразилась война между ООН и АнтиООН. Этот конфликт длился восемь лет, и за это время многие опытные пилоты погибли, уступив место совсем молодым.

Шин Кудоу, молодой пилот истребителя F-14 Tom Cat из военно-воздушных сил ООН, был сбит противником и потерпел крушение на уединенном тропическом острове Майян. Его нашли и выходили местные жители. По удивительному стечению обстоятельств, этот остров и его племя имеют связь с Протокультурой, которая, вероятно, была принесена на Землю в древние времена. Необычные энергетические явления на острове по своей природе очень близки к той самой сверхтехнологии, которую обнаружила ООН.

Токио, 50-е годы, альтернативная реальность. Город погружается в хаос и насилие. Подпольная группировка, известная как Секта, устраивает массовые беспорядки и теракты. В ответ на угрозу власти создают специальное подразделение - Волчий отряд. Это команда специально обученных бойцов, облаченных в броню, которые не знают пощады и кажутся неуязвимыми.

Сики Рёги — молодая женщина, обладающая загадочным даром, известным как "глаза смерти." Эта способность позволяет ей видеть линии жизни всех существ и уничтожать любой предмет, разрезая эти линии. Недавно она вышла из двухлетней комы, в которую попала после автомобильной аварии.

В 2029 году кибернетические технологии достигли такого уровня, что люди могут заменять свои конечности на роботизированные аналоги. Майор Мотоко Кусанаги, работающая в 9-м отделе службы безопасности, сталкивается с загадочным хакером, известным под именем Кукловод. Она погружается в расследование, чтобы выяснить, кто скрывается за этим псевдонимом и какие цели преследует этот таинственный преступник.

Многие столетия тайное соглашение сохраняло гармонию между Землей и параллельным измерением, известным как Чёрный мир, населенным существами, способными менять форму и обладающими сверхъестественными способностями. Пришло время продлить этот пакт, однако агрессивная группа из Чёрного мира готова на всё, чтобы помешать его подписанию. Теперь судьба обоих миров зависит от двух специальных агентов, представляющих разные измерения, которым поручено обеспечить успешное продление соглашения.

Юки и Амэ кажутся обычными детьми, которым должны быть нипочем все трудности окружающего мира. Однако, когда их отец, последний представитель древнего рода оборотней, умирает, их матери, обычной девушке, когда-то влюбившейся в человека, который оказался волком, приходится переехать подальше от большого города.

В 2032 году, в мире, где техника достигла невероятных высот, люди живут бок о бок с киборгами и роботами. Бато, детектив из отдела по борьбе с терроризмом, является живым киборгом с искусственными конечностями и другими частями тела, сохранившим лишь свой мозг и память о Мотоко Кусанаги.

Вместе с напарником Тогусой, Бато занимается расследованием серии убийств, совершённых роботами, которые убивают своих владельцев. Все эти роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов компании Locus Solus. Фирма предпочла бы замять инцидент, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками жертв. Однако Бато и Тогуса не из тех, кто пойдет на компромисс в таком деле.

К 2029 году компьютерные сети и кибертехнологии стали неотъемлемой частью жизни, и почти каждый человек имеет различные имплантаты. Однако эти достижения принесли с собой новую угрозу: возможность «взлома мозга».

Неуловимый хакер, известный как Кукловод, начинает вмешиваться в политические процессы. В ответ на это, 9-й отдел Министерства Общественной безопасности, оснащённый передовыми технологиями, получает задание провести расследование и остановить Кукловода.