События разворачиваются в 1999 году, еще до появления Зентреди. В результате падения инопланетного космического корабля на Землю была обнаружена сверхтехнология, из-за которой разразилась война между ООН и АнтиООН. Этот конфликт длился восемь лет, и за это время многие опытные пилоты погибли, уступив место совсем молодым.

Шин Кудоу, молодой пилот истребителя F-14 Tom Cat из военно-воздушных сил ООН, был сбит противником и потерпел крушение на уединенном тропическом острове Майян. Его нашли и выходили местные жители. По удивительному стечению обстоятельств, этот остров и его племя имеют связь с Протокультурой, которая, вероятно, была принесена на Землю в древние времена. Необычные энергетические явления на острове по своей природе очень близки к той самой сверхтехнологии, которую обнаружила ООН.

15-летний Дзюн Тэндо неожиданно оказывается в далеком загадочном прошлом, полном чудовищ, драконов и мистических сил. Путешествие переносит его на 1200 лет назад, где он узнает, что именно ему предстоит стать ключевой фигурой в спасении человечества и прекращении войны между людьми и демонами.