В альтернативном средневековом мире люди живут бок о бок с оборотнями, известными как ёма, которые питаются человеческой плотью. Эти существа могут принимать облик своих жертв и скрываться среди людей, а съев мозг человека, ёма получают доступ к его воспоминаниям. Для борьбы с этими монстрами была создана таинственная Организация, которая сформировала орден могущественных воинов, прозванных клейморами. Процесс превращения в клеймора включает введение в человеческое тело крови и плоти ёма. В результате появляются гибриды, наполовину люди, наполовину монстры, которые превосходят чистокровных ёма по силе и уму.

«Чёрная лагуна» — небольшая компания, занимающаяся перевозкой грузов, зачастую нелегальных, по всему Южно-Китайскому морю. Она показывает тёмные стороны жизни в Таиланде, на Филиппинах, в Малайзии, Индонезии и даже Японии. В главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре, за власть борются мафиозные группировки из Китая, Италии, Колумбии и России.