После очередной мировой войны на Земле осталось всего шесть зон, пригодных для жизни. Шестая зона представляет собой город-утопию, где сохранились достижения цивилизации. Управление городом находится в руках элиты человечества, а внутри города действует строгая иерархия. Даже самые низшие слои общества живут лучше, чем изгои, обитающие за городской стеной в трущобах Западного квартала. Однако эти трущобы нужны властям не только как средство устрашения недовольных, но и как источник запретных удовольствий и рабов для экспериментов. 12-летний гений по имени Сион не имел представления обо всем этом, пока в одну дождливую ночь в его дом не проник такой же мальчик, но уже преступник и беглец.

Когда ведьме Кики исполняется 13 лет, она должна провести некоторое время среди обычных людей. Вместе со своим верным котом Дзидзи она отправляется в большой город. Там она встречает добросердечного пекаря, который помогает ей начать своё дело — службу экспресс-доставки. В ходе работы Кики знакомится с множеством людей, находит новых друзей и сталкивается с различными приключениями.