В результате секретных военных экспериментов в Тихом океане и на его побережье возникают гигантские монстры. Нью-Йорку и всему цивилизованному миру угрожает беспрецедентная катастрофа. Корабли исчезают, будучи проглоченными мутировавшими кальмарами, целые кварталы проваливаются под землю из-за огромных зубастых червей, а на острове Манхэттен разбушевался гигантский ящер Годзилла, переворачивая автобусы, разрушая небоскрёбы и уничтожая всё на своём пути.

Мультсериал рассказывает о тайной организации собак, которая занимается спасением людей и борьбой со злом. Эта организация настолько засекречена, что лишь немногие в мире знают о её существовании. Антропоморфные собаки и кошки в этом мире умны и сообразительны, в то время как люди, хоть и не такие умные, но в большинстве своём добрые и заботливые хозяева.

Действие разворачивается в вымышленном американском городе Смоллтон. Главные герои - спецагент Ральф и его напарница спецагент Митце, одни из лучших в своём деле. Им поручают самые сложные и опасные миссии. Часто к ним присоединяется щенок Скриббл, который, несмотря на свою несмышленость, нередко спасает их в трудные моменты. Также им помогают друзья: Энгис, Фон Раби, Фрэнк и множество агентов со всего мира. Руководит всей организацией таинственный пёс по имени Зеро.

На севере, где сани веками были основным средством передвижения, появляется новое крылатое устройство, способное заменить упряжных собак. Теперь даже самые отдаленные уголки стали доступными благодаря самолетам.

Но Балто, наш старый друг, не в восторге от этих перемен. Он решает организовать гонку между упряжкой верных псов и опытным пилотом по имени Дьюк, чтобы выяснить, кто быстрее доставит почту: собаки или одномоторный биплан?

К радости всех, псы первыми достигают финиша, доказывая своё преимущество над металлической птицей. Однако Балто сразу понимает, что с Дюком и его самолетом что-то произошло. Вместе с Маком и Люком он отправляется в опасное путешествие, чтобы спасти пропавшего летчика.