Три рассказа о том, каким может стать ближайшее будущее человечества. Это будущее может и не наступить, но угроза такого развития событий всегда присутствует в нашей жизни.

Сюжет разворачивается вокруг многолетнего противостояния между Галактической империей и Альянсом свободных планет. В грандиозной битве участвуют тысячи космических кораблей и миллионы солдат с обеих сторон. Руководят этими армиями два выдающихся полководца, которые являются непримиримыми врагами.

В 2030 году Землю охватила вирусная болезнь под названием Джибия, которая превращает зараженных людей в различных монстров в зависимости от их возраста, пола и расы. Самурай и ниндзя из раннего периода эпохи Эдо путешествуют во времени и оказываются в разрушенной Японии. Их цель — помочь профессору, который трудится над созданием лекарства от вируса. Вместе они сражаются с множеством монстров Джибии, преступниками и другими жестокими врагами, стоящими на пути к спасению человечества.

История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.