После множества сражений, значительных побед и горьких поражений команда профессора Ксавьера распалась. Однако новый тревожный сигнал поступает из Японии, и краткое расследование показывает, что угроза нависла не только над отдельными людьми, но и над судьбой всего мира. Это означает, что Циклоп, Шторм, Зверь и Росомаха должны снова сесть в иксоплан и отправиться на острова в район Тохоку, где их помощь особенно необходима. Исчезновение молодой мутантки Хисако оказывается лишь верхушкой айсберга, скрывающего куда более зловещий заговор.

Хиган, некогда ниндзя, сбежал из своего клана и нашел убежище в Америке, где создал семью и поселился в сельской местности. Однажды ночью на его дом нападают бывшие товарищи, убивая его, его жену и ребенка. Придя в себя в морге, Хиган принимает решение жестоко отомстить.

В будущем мегаполисе Найт-Сити, где люди повсеместно увлекаются высокими технологиями и всевозможными имплантами, живет Дэвид Мартинес. Его мать с трудом справляется с финансовыми трудностями, но старается изо всех сил, чтобы Дэвид мог учиться в престижной академии и получить достойное образование. Однако их жизнь резко меняется после того, как мать Дэвида оказывается в больнице после уличной перестрелки и автоаварии. Из-за плохой страховки она не получает необходимой помощи и умирает. Оставшись один, Дэвид решает установить себе экспериментальный имплантат, который значительно улучшает его боевые способности. С этими новыми возможностями он становится наёмником, вступая на путь, полный опасностей и вызовов.

Маленькую Ханаби похищает злодей из другого мира, который также намеревается уничтожить Землю. Наруто предстоит спасти младшую сестру Хинаты, девушки, к которой он испытывает чувства. Но сможет ли легендарный ниндзя одолеть сильнейшего противника, если перед схваткой он утратит свои суперспособности?