«Мутанты Икс» рассказывает о людях, ставших изгоями из-за экспериментов в области генной инженерии. В результате секретных правительственных исследований они обрели сверхъестественные способности. Осознав, что ситуация выходит из-под контроля, организация, создавшая этих суперлюдей, пытается их уничтожить. Один из ученых, Адам, участвовавший в разработке программы, решает помочь мутантам и создает команду из четырех человек, названную «Мутанты Икс».

Эта команда ищет других мутантов, чтобы помочь им принять и контролировать свои уникальные способности, а также защитить их от создателей, включая бывшего коллегу Адама, Мейсона Экхарта.