Мир будущего снова разделился на два противоборствующих лагеря. С одной стороны, Америка и Япония объединились в Альянс, чтобы защищать свободу и демократию. С другой стороны, таинственные завоеватели захватили Европу, Россию и Азию, создав республику Зогилия, стремящуюся к мировому господству. Обе стороны, несмотря на ограниченные ресурсы, продолжают разрабатывать всё более совершенные боевые роботы, которые стали основной силой на всех фронтах. В 2088 году наступило хрупкое равновесие, когда даже малейшее событие может привести к крупному конфликту.

Чтобы оплатить лечение своего отца, молодой Ромео устраивается помощником трубочиста и отправляется в Милан. Там ему предстоит столкнуться с множеством испытаний и найти новых друзей.

Авария кардинально меняет жизнь перспективного гонщика Томое Широ. Его удалось спасти, но сердце не выдержало. Девушка-механик по имени Микагура Томое заменяет его сердце на мотор от машины Широ, который назвали «Томое драйв». На первый взгляд, все в порядке, но официальная лига гонщиков больше не признает Широ как гонщика, считая его частью автомобиля. Лишенный возможности участвовать в официальных соревнованиях, Томое отправляется на край света, где гонки и сами гонщики отличаются от привычных. Здесь его необычный мотор не станет преградой на пути к славе и деньгам, которых он заслуживает.

История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.