В 2038 году был отправлен в путь седьмой корабль класса «Новый Макросс», на борту которого находился город колонистов. Руководить этим кораблем поручили Максу Джениусу, ветерану Первой Космической войны.

На «Макроссе 7» образуется рок-группа под названием «Fire Bomber», в которой главными вокалистами становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время своего путешествия колонисты сталкиваются с новым противником, и в этих сражениях начинают играть важную роль музыкальные способности Басары и Милен.

Давным-давно, когда пирамиды ещё только возводились, египетские правители развлекались, устраивая магические поединки, известные как «Игры теней». Эти сражения высвободили огромную тёмную энергию, способную уничтожить весь мир. Чтобы предотвратить катастрофу, могущественный фараон запечатал эту силу в таинственных «Тысячелетних артефактах», пожертвовав своей жизнью и жизнями шести жрецов. Спустя 3000 лет, весь мир увлекается карточной игрой «Duel Monsters», использующей компьютерные технологии и напоминающей древние «Игры теней». Школьник Юги Муто считается лучшим игроком, но мало кто знает его секрет. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл его дедушка во время экспедиции.