В 2043 году была выпущена первая в истории массовая многопользовательская онлайн-игра Infinite Dendrogram, которая позволяла пользователям полностью погружаться в виртуальную реальность, имитируя воздействия на все пять органов чувств. Японский школьник Рэйдзи Микудори давно мечтал попробовать свои силы в этой игре. Наконец, поступив в колледж и переехав от родителей, он начал развивать своего персонажа по имени Рэй Старлинг. Со временем Рэйдзи начинает замечать, что неигровые персонажи обладают настолько высоким уровнем искусственного интеллекта, что их сложно отличить от реальных игроков. Погружаясь всё глубже в мир игры, он всё больше начинает жить её жизнью.

Юсукэ вместе с одноклассниками Синдо и Хакодзаки оказываются в таинственном мире, населенном мифическими существами. Там их встречает загадочный персонаж, называющий себя Мастером игры, который поручает им выполнить серию заданий в ограниченное время. Чтобы помочь друзьям, Мастер игры наделяет Синдо и Хакодзаки способностями мага и воина, а Юсукэ достается роль фермера. Теперь этой троице предстоит преодолевать случайные квесты, чтобы выжить и защитить реальный мир от нашествия демонов и монстров.

Япония, эпоха Мэйдзи. Минуло десять лет после событий бакумацу и восстания против сёгуната Токугава. Ношение мечей теперь запрещено, но убийства на улицах продолжаются. Молодой странствующий самурай Кэнсин Химура, когда-то известный как беспощадный и неуловимый убийца Хитокири Батосай, стремится искупить своё кровавое прошлое. Охваченный чувством вины, Кэнсин дал обет больше не убивать. Он находит пристанище у девушки по имени Каору Камия, которая преподает боевые искусства. Однако тени его прошлого вновь начинают преследовать бывшего убийцу.

Жизнь молодого Ноктиса круто изменилась после нападения шестирукой женщины-змеи. Этот чудовищный монстр лишил его родных и едва не убил самого Ноктиса. Благодаря своевременной помощи ему удалось выжить и найти новый дом, но это спокойствие длилось недолго. Спустя несколько лет война между его королевством и империей завершилась победой последней. Ноктис, скрывая свою личность, пробирается в Столицу, которая оказалась под контролем врага, и вступает в нескончаемую борьбу с имперскими киборгами.

Старшеклассник Ракуро Хидзутомэ увлечён лишь одним — находить неудачные игры и выжимать из них всё, что только можно, побеждая на каждом шагу. Его игровые способности настолько впечатляющие, что даже самые плохие игры доставляют ему удовольствие. Однажды он узнаёт о новой виртуальной игре Shangri-La Frontier и решает, что это будет очередной лёгкий триумф. Но всё оказывается не так просто.

В один жаркий день перед началом летних каникул группа старшеклассников решает выразить протест, скрывшись на заброшенной фабрике. Родители оказываются в растерянности и не знают, как поступить. Подростки объявляют «войну», из-за которой откладываются предстоящие выборы мэра города. Телевизионные репортёры не упускают шанс запечатлеть все события, превращая их в нечто особенное.