После освобождения от обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги сталкивается с новой задачей — научиться работать под руководством Арамаки. В это время неизвестный злоумышленник взламывает системы безопасности государства. Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему специалисту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится привлечь в новый отряд 9-го отдела госбезопасности снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза. Между двумя командами возникает напряженное соперничество.

Главные персонажи сериала - три антропоморфные кошки, которые охраняют город Малый Токио от преступников, одновременно работая в пиццерии, чтобы заработать на жизнь.

Ли Шэньшунь на работу ходит в обычной зелёной куртке, а чёрный пуленепробиваемый плащ надевает только для более серьёзных дел, чем разнос напитков или уборка туалетов. В такие моменты он превращается в Чёрного Синигами, надевает белую маску и начинает охоту на таких же бессовестных негодяев, как и он сам. Токио снова переживает трудные времена: город портит огромная Стена, а мирных жителей тревожат агенты разведок со всего мира, скачущие по крышам. Десять лет назад исчезла Луна, а настоящие звёзды заменили фальшивыми. Только астрономы и любители звездного неба смогли по-настоящему оценить масштаб этой трагедии. Кроме того, появился новый вид людей, что добавило проблем правоохранительным органам.

Закончив обучение, Диего Вега возвращается домой и обнаруживает, что его родной край оказался под контролем военных сил. Не в силах мириться с такой несправедливостью, он принимает решение стать Зорро, чтобы защищать слабых и бороться за справедливость.

В далеком будущем, в 2200 году, в Токио, под кроваво-красными облаками простираются массивные ветви древнего древа Иггдрасиль. Демоны захватили власть над миром, и человечество отчаянно борется за возвращение утраченного. Однажды Боги послали людям Древнее Оружие, которое дало им шанс противостоять чудовищам. Однако со временем этого оружия стало недостаточно. Люди гибнут в жестоких сражениях, а ряды демонов только растут, практически уничтожая последние надежды человечества.

Неожиданно появляется новый способ борьбы с монстрами — вживление частиц демонов в человеческие тела. Но этот метод оказывается крайне опасным, и все подопытные погибают. За исключением одного. Зеро — единственный, кто смог овладеть силой демонов. Он становится последней надеждой человечества на спасение.

Девять ведущих аниматоров из Японии получили задание создать короткометражные фильмы, объединенные общей темой "Роботы". Эти работы были затем собраны в единое произведение. Основной акцент сделан на взаимодействии человека с роботами и на последствиях, возникающих при создании жизни собственными руками.