После освобождения от обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги сталкивается с новой задачей — научиться работать под руководством Арамаки. В это время неизвестный злоумышленник взламывает системы безопасности государства. Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему специалисту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится привлечь в новый отряд 9-го отдела госбезопасности снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза. Между двумя командами возникает напряженное соперничество.

Близнецы Касугано потеряли родителей в автокатастрофе. Близких родственников рядом не оказалось, поэтому 16-летний Харука, как старший, взял на себя ответственность за себя и свою сестру Сору. В процессе преодоления горестных, но необходимых забот, юноша окреп, повзрослел и смог как-то справляться с жизненными трудностями. Однако его всё больше беспокоила Сора, которая с рождения была слабой и болезненной, из-за чего стала замкнутой и нелюдимой. Денег на жизнь в городе не хватало, и Харука принял решение: пока решаются вопросы с наследством и опекунством, переехать в горную деревушку Окукосомэ-тё и остановиться в доме покойного деда, куда они часто ездили на каникулы.

Нетрудно догадаться, что ожидало ребят в деревне, где люди всё помнят, ничего не забывают и знают всех и вся до седьмого колена. Появление городского парня, который из шапочного знакомого детских лет превратился в писаного красавца, вызвало немалый интерес у местных девушек. Четыре из них – местная «принцесса», храмовая жрица, соседка и староста класса – сразу обратили на него внимание. Харука не был против общения и возобновления старых дружеских связей. Но постепенно, наслаждаясь спокойной деревенской жизнью, он осознал, что отношения с сестрой выходят далеко за рамки обычных…