После освобождения от обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги сталкивается с новой задачей — научиться работать под руководством Арамаки. В это время неизвестный злоумышленник взламывает системы безопасности государства. Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему специалисту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится привлечь в новый отряд 9-го отдела госбезопасности снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза. Между двумя командами возникает напряженное соперничество.

После завершения очередной мировой войны наука совершила невероятный прорыв: теперь каждый человек может продлить свою жизнь благодаря кибернетическим имплантатам. Все жители планеты соединены в единую сеть, известную как Призраки, и кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел стали повсеместным явлением. Когда убивают премьер-министра Японии, майор Мотоко Кусанаги и её команда из Девятого отдела начинают расследование, чтобы найти киберпреступников, стоящих за этим преступлением.